Pablo Yamild Rosiles Loeza

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Acerca de mí

Profesional con experiencia en programación (R, Python, Bash, snakemake y nextflow), análisis de datos, gestión de equipos, comunicación científica y análisis de datos. Pertenecí al programa Talentum universidad y Shaping Horizons, organizado por el CIDE y la Universidad de Cambridge, respectivamente. Egresado de la maestría en biotecnología de plantas en el Laboratorio Nacional de genómica para la biodiversidad del Cinvestav donde me desempeñé en el laboratorio de ARN regulatorio analizando marcas de cromatina en ARNs largos no codificantes. Estoy interesado en el desarrollo de herramientas bioinformáticas para el análisis de datos con aplicaciones comerciales e industriales, donde considero que las herramientas de automatización pueden aumentar la rapidez, precisión y la productividad de productos y procesos, especialmente enfocado en plantas de interés agroalimentario. En la actualidad, trabajo como Bioinformatico Jr en Endogenomiks-KoppertMX.

Educación

Maestría en Ciencias | Agosto 2020 - Agosto 2022
  Cinvestav Unidad Irapuato | Irapuato, Gto
   Laboratorio de RNA regulatorio

Ingeniería en biotecnología | Agosto 2015 - Julio 2019
  Instituto Politécnico Nacional | Silao, Gto.
   Unidad Profesional Interdisciplinaria de Ingeniería Campus Guanajuato
      Cédula Profesional: 12064286

Experiencia

  • Bioinformático Jr.  | Endogenomiks-KoppertMX | Septiembre 2022 - Actualidad

  • Colaborador principal | Biolaunch | Enero 2020 - Julio 2021

  • Coordinador del concurso de emprendimiento | Biolaunch | Enero 2019 - Diciembre 2019

  • Colaborador en el Taller de Emprendimiento | Congreso de la Sociedad Mexicana de Biotecnología y Bioingeniería | Julio 2019

  • Tesista de licenciatura | Laboratorio de transformación genética de plantas CINVESTAV-Irapuato | Diciembre 2017 - Junio 2019

  • Colaborador | Clubes de Ciencia México | Agosto de 2018

  • Equipo de logística | Allbiotech | Marzo de 2018 - Diciembre de 2018


Publicaciones

  • Herrera-Isidron, L., Valencia-Lozano, E., Rosiles-Loeza, P. Y., Robles-Hernández, M. G., Napsuciale-Heredia, A., & Cabrera-Ponce, J. L. (2021). Gene Expression Analysis of Microtubers of Potato Solanum tuberosum L. Induced in Cytokinin Containing Medium and Osmotic Stress. Plants, 10(5), 876. https://doi.org/10.3390/plants10050876

  • Ozment, E., Tamvacakis, A. N., Zhou, J., Rosiles-Loeza, P. Y., Escobar-Hernandez, E. E., Fernandez-Valverde, S. L., & Nakanishi, N. (2021). Cnidarian hair cell development illuminates an ancient role for the class IV POU transcription factor in defining mechanoreceptor identity. Elife, 10, e74336. DOI: 10.7554/eLife.74336

  • VanBuren, R., Rougon-Cardoso, A., Amézquita, E., Coss-Navarrete E., Espinosa-Jaime, A.,Gonzalez-Iturbe, O., Luckie-Duque A., Mendoza-Galindo, E., Pardo , J., Rodríguez-Guerrero G., Rosiles-Loeza, P. Y., Vásquez-Cruz M., Fernandez-Valverde, S., Hernandez-Hernandez, T., Palande, S., & Chitwood D. (2022). Teaching Tools in Plant Biology. Plants and Python, Coding from Scratch in the Plant Sciences. The Plant Cell. Accepted, pending publication


Lenguajes extranjeros

  • Inglés | TOEFL iBT 104 | ETS ID: 43DF1302

  • Alemán | Nivel B1


Cursos y diplomados

  • Science diplomacy | The bridge biofoundry & Alliance for science | Septiembre 2021

  • Análisis de datos transcriptómicos de single cell (scRNA-seq) con R y bioconductor | NNB-CCG & CDSB | Agosto 2021

  • Recomendaciones para un retorno seguro al trabajo ante COVID-19 | IMSS | Agosto 2021

  • Plagio y citación | Cinvestav | Mayo 2021

  • Covid-19 y estimación de parámetros en ecuaciones diferenciales ordinarias | UNAM |Julio 2020

  • Introducción a la bioinformática con enfoque en bioeconomía | ISCB Student Council | Octubre 2019

  • Shaping Horizons: Summit and action programme | University of Cambridge | Mayo – Octubre 2019

  • Talentum Universidad | CIDE | Junio - Diciembre 2019

  • Escuela de verano en Bioinformática | UNAM Juriquilla | Verano 2017

  • Verano de investigación científica | Academia Mexicana de Ciencias & UNAM | Verano 2016


Participación en congresos y reconocimientos

  • Colaborador en Plants & Python | Curso de Fundamentos de la Biología Vegetal Computacional en la Universidad Estatal de Michigan | Consulta la página aquí | 2021

  • Colaborador en talent republic | Consulta perfil aquí

  • Torneo Virtual México debate | Torneo organizado por Instituto Nacional Electoral y la Asociación Mexicana de Debate | 2020

  • Análisis de la señalización de citocininas en la respuesta a estímulos ambientales para la tuberización de papa (Solanum tuberosum L.) en cultivo in vitro | Cartel en Foro PIFI | Agosto 2019

  • Mejoras en un biorreactor de inmersión temporal electroneumático para el cultivo in vitro de tejidos vegetales | Cartel en XVI Encuentro: Participación de la mujer en la ciencia | Mayo 2019

  • ¿Por qué no hay científicas? | Ponencia en el marco del día internacional de la mujer y la niña en la ciencia: Allbiotech | Febrero 2019

  • Renou. Renovando la vida | Proyecto presentado en Emprendedores en Bionegocios 2017 organizado por AGROBIOTEG | Junio 2017

  • Crecimiento de cristales fosfatos de calcio en fibras de ácido poliláctico (PLA) y cloruro de calcio | Cartel en XXIV Encuentro Nacional y XV Iberoamericano de Investigación en Odontología | Noviembre 2016

  • Participante en la Olimpiada Internacional de Biología en Aarhus, Dinamarca | Verano 2015

  • Medalla de Oro en la XXIV Olimpiada Nacional de Biología en Monterrey, Nuevo León | Enero 2015

  • Medalla de Oro en la XXIV Olimpiada Michoacana de Biología en Morelia, Michoacán | Verano 2014

  • Medalla de Plata en la XXIII Olimpiada Michoacana de Biología en Morelia, Michoacán | Verano 2013

Resume in english

About me

Professional with experience in programming (R, Python, Bash, snakemake and nextflow), data analysis, team management, scientific communication and data analysis. I belonged to the Talentum university program and Shaping Horizons, organized by CIDE and Cambridge University, respectively. I graduated from the master’s program in plant biotechnology at the National Laboratory of Genomics for Biodiversity at Cinvestav where I worked in the regulatory RNA laboratory analyzing chromatin marks in long non-coding RNAs. I am interested in the development of bioinformatics tools for data analysis with commercial and industrial applications, where I consider that automation tools can increase the speed, accuracy and productivity of products and processes, especially focused on plants of agri-food interest. I am currently working as Junior Bioinformatician at Endogenomiks-KoppertMX.

Education

Master of Science | August 2020 - August 2022
  Cinvestav Unidad Irapuato | Irapuato, Gto.
   Regulatory RNA laboratory

Biotechnology Engineering | August 2015 - July 2019
  Instituto Politécnico Nacional | Silao, Gto.
   Unidad Profesional Interdisciplinaria de Ingeniería Campus Guanajuato
   Professional License: 12064286

Experience

  • Junior Bioinformatician | Endogenomiks-KoppertMX | September 2022 - Current

  • Principal Collaborator | Biolaunch | January 2020 - Julio 2021

  • Coordinator of the entrepreneurship contest | Biolaunch | January 2019 - December 2019

  • Collaborator in the Entrepreneurship Workshop | Congress of the Mexican Society of Biotechnology and Bioengineering | July 2019

  • Undergraduate thesis student | Laboratory of Plant Genetic Transformation CINVESTAV-Irapuato | December 2017 - June 2019

  • Collaborator | Science Club México | August 2018

  • Logistics team | Allbiotech | March 2018 - December 2018


Publications

  • Herrera-Isidron, L., Valencia-Lozano, E., Rosiles-Loeza, P. Y., Robles-Hernández, M. G., Napsuciale-Heredia, A., & Cabrera-Ponce, J. L. (2021). Gene Expression Analysis of Microtubers of Potato Solanum tuberosum L. Induced in Cytokinin Containing Medium and Osmotic Stress. Plants, 10(5), 876. https://doi.org/10.3390/plants10050876.

  • Ozment, E., Tamvacakis, A. N., Zhou, J., Rosiles-Loeza, P. Y., Escobar-Hernandez, E. E., Fernandez-Valverde, S. L., & Nakanishi, N. (2021). Cnidarian hair cell development illuminates an ancient role for the class IV POU transcription factor in defining mechanoreceptor identity. Elife, 10, e74336. DOI: 10.7554/eLife.74336

  • VanBuren, R., Rougon-Cardoso, A., Amézquita, E., Coss-Navarrete E., Espinosa-Jaime, A.,Gonzalez-Iturbe, O., Luckie-Duque A., Mendoza-Galindo, E., Pardo , J., Rodríguez-Guerrero G., Rosiles-Loeza, P. Y., Vásquez-Cruz M., Fernandez-Valverde, S., Hernandez-Hernandez, T., Palande, S., & Chitwood D. (2022). Teaching Tools in Plant Biology. Plants and Python, Coding from Scratch in the Plant Sciences. The Plant Cell. Accepted, pending publication.


Foreign languages

  • English | TOEFL iBT 104 | ETS ID: 43DF1302

  • German | Nivel B1


Courses and diplomas

  • Science diplomacy | The bridge biofoundry & Alliance for science | September 2021

  • Analysis of single cell transcriptomic data (scRNA-seq) with R and bioconductor | NNB-CCG & CDSB | August 2021

  • Recommendations for a safe return to work before COVID-19 | IMSS | August 2021

  • Plagiarism and citation | Cinvestav | May 2021

  • COVID-19 and parameter estimation in ordinary differential equations | UNAM | July 2020

  • Introduction to bioinformatics with a focus on bioeconomics | ISCB Student Council | October 2019

  • Shaping Horizons: Summit and action programme | Cambridge University | May - October 2019

  • Talentum University | CIDE | June - December 2019

  • Introduction to Feminist Theories | UAbierta de la Universidad de Chile | March - April 2019

  • Summer School in Bioinformatics | UNAM Juriquilla | Summer 2017

  • Summer of scientific research | Academia Mexicana de Ciencias & UNAM | Summer 2016


Participation in congresses and acknowledgements

  • Collaborator in Plants & Python Course | Foundation in Computational Plant Science course at Michigan State University | Consult the page here | 2021

  • Contributor to talent republic | See profile here

  • Virtual Mexico Debate Tournament | Tournament organized by the National Electoral Institute and the Mexican Debate Association | 2020

  • Analysis of cytokinin signaling in response to environmental stimuli for potato tuberization (Solanum tuberosum L.) in in vitro culture | Poster in PIFI Forum | August 2019

  • Improvements in an electro-pneumatic temporary immersion bioreactor for in vitro plant tissue culture | Poster at XVI Meeting: Participation of women in science | May 2019

  • Why are there no women scientists? | Presentation in the framework of the International Day of Women and Girls in Science: Allbiotech | February 2019

  • Renou: Renewing life | Project presented at Entrepreneurs in Biobusiness 2017 organized by AGROBIOTEG | June 2017.

  • Growth of calcium phosphate crystals in polylactic acid (PLA) and calcium chloride fibers | Poster at XXIV National and XV Iberoamerican Meeting of Research in Dentistry | November 2016

  • Participant in the International Biology Olympiad in Aarhus, Denmark | Summer 2015.

  • Gold medal at the XXIV National Biology Olympiad in Monterrey, Nuevo Leon, Mexico, Winter 2015.

  • Gold medal at the XXIV Regional Biology Olympiad in Morelia, Michoacán | Summer 2014.

  • Silver medal at the XXIII Regional Biology Olympics in Morelia, Michoacán, Mexico, Summer 2013.

Pablo Yamild Rosiles Loeza

**For english version go to the bottom

Acerca de mí

Profesional con experiencia en programación (R, Python, Bash, snakemake y nextflow), análisis de datos, gestión de equipos, comunicación científica y análisis de datos. Pertenecí al programa Talentum universidad y Shaping Horizons, organizado por el CIDE y la Universidad de Cambridge, respectivamente. Egresado de la maestría en biotecnología de plantas en el Laboratorio Nacional de genómica para la biodiversidad del Cinvestav donde me desempeñé en el laboratorio de ARN regulatorio analizando marcas de cromatina en ARNs largos no codificantes. Estoy interesado en el desarrollo de herramientas bioinformáticas para el análisis de datos con aplicaciones comerciales e industriales, donde considero que las herramientas de automatización pueden aumentar la rapidez, precisión y la productividad de productos y procesos, especialmente enfocado en plantas de interés agroalimentario. En la actualidad, trabajo como Bioinformatico Jr en Endogenomiks-KoppertMX.

Educación

Maestría en Ciencias | Agosto 2020 - Agosto 2022
  Cinvestav Unidad Irapuato | Irapuato, Gto
   Laboratorio de RNA regulatorio

Ingeniería en biotecnología | Agosto 2015 - Julio 2019
  Instituto Politécnico Nacional | Silao, Gto.
   Unidad Profesional Interdisciplinaria de Ingeniería Campus Guanajuato
      Cédula Profesional: 12064286

Experiencia

  • Bioinformático Jr.  | Endogenomiks-KoppertMX | Septiembre 2022 - Actualidad

  • Colaborador principal | Biolaunch | Enero 2020 - Julio 2021

  • Coordinador del concurso de emprendimiento | Biolaunch | Enero 2019 - Diciembre 2019

  • Colaborador en el Taller de Emprendimiento | Congreso de la Sociedad Mexicana de Biotecnología y Bioingeniería | Julio 2019

  • Tesista de licenciatura | Laboratorio de transformación genética de plantas CINVESTAV-Irapuato | Diciembre 2017 - Junio 2019

  • Colaborador | Clubes de Ciencia México | Agosto de 2018

  • Equipo de logística | Allbiotech | Marzo de 2018 - Diciembre de 2018


Publicaciones

  • Herrera-Isidron, L., Valencia-Lozano, E., Rosiles-Loeza, P. Y., Robles-Hernández, M. G., Napsuciale-Heredia, A., & Cabrera-Ponce, J. L. (2021). Gene Expression Analysis of Microtubers of Potato Solanum tuberosum L. Induced in Cytokinin Containing Medium and Osmotic Stress. Plants, 10(5), 876. https://doi.org/10.3390/plants10050876

  • Ozment, E., Tamvacakis, A. N., Zhou, J., Rosiles-Loeza, P. Y., Escobar-Hernandez, E. E., Fernandez-Valverde, S. L., & Nakanishi, N. (2021). Cnidarian hair cell development illuminates an ancient role for the class IV POU transcription factor in defining mechanoreceptor identity. Elife, 10, e74336. DOI: 10.7554/eLife.74336

  • VanBuren, R., Rougon-Cardoso, A., Amézquita, E., Coss-Navarrete E., Espinosa-Jaime, A.,Gonzalez-Iturbe, O., Luckie-Duque A., Mendoza-Galindo, E., Pardo , J., Rodríguez-Guerrero G., Rosiles-Loeza, P. Y., Vásquez-Cruz M., Fernandez-Valverde, S., Hernandez-Hernandez, T., Palande, S., & Chitwood D. (2022). Teaching Tools in Plant Biology. Plants and Python, Coding from Scratch in the Plant Sciences. The Plant Cell. Accepted, pending publication


Lenguajes extranjeros

  • Inglés | TOEFL iBT 104 | ETS ID: 43DF1302

  • Alemán | Nivel B1


Cursos y diplomados

  • Science diplomacy | The bridge biofoundry & Alliance for science | Septiembre 2021

  • Análisis de datos transcriptómicos de single cell (scRNA-seq) con R y bioconductor | NNB-CCG & CDSB | Agosto 2021

  • Recomendaciones para un retorno seguro al trabajo ante COVID-19 | IMSS | Agosto 2021

  • Plagio y citación | Cinvestav | Mayo 2021

  • Covid-19 y estimación de parámetros en ecuaciones diferenciales ordinarias | UNAM |Julio 2020

  • Introducción a la bioinformática con enfoque en bioeconomía | ISCB Student Council | Octubre 2019

  • Shaping Horizons: Summit and action programme | University of Cambridge | Mayo – Octubre 2019

  • Talentum Universidad | CIDE | Junio - Diciembre 2019

  • Escuela de verano en Bioinformática | UNAM Juriquilla | Verano 2017

  • Verano de investigación científica | Academia Mexicana de Ciencias & UNAM | Verano 2016


Participación en congresos y reconocimientos

  • Colaborador en Plants & Python | Curso de Fundamentos de la Biología Vegetal Computacional en la Universidad Estatal de Michigan | Consulta la página aquí | 2021

  • Colaborador en talent republic | Consulta perfil aquí

  • Torneo Virtual México debate | Torneo organizado por Instituto Nacional Electoral y la Asociación Mexicana de Debate | 2020

  • Análisis de la señalización de citocininas en la respuesta a estímulos ambientales para la tuberización de papa (Solanum tuberosum L.) en cultivo in vitro | Cartel en Foro PIFI | Agosto 2019

  • Mejoras en un biorreactor de inmersión temporal electroneumático para el cultivo in vitro de tejidos vegetales | Cartel en XVI Encuentro: Participación de la mujer en la ciencia | Mayo 2019

  • ¿Por qué no hay científicas? | Ponencia en el marco del día internacional de la mujer y la niña en la ciencia: Allbiotech | Febrero 2019

  • Renou. Renovando la vida | Proyecto presentado en Emprendedores en Bionegocios 2017 organizado por AGROBIOTEG | Junio 2017

  • Crecimiento de cristales fosfatos de calcio en fibras de ácido poliláctico (PLA) y cloruro de calcio | Cartel en XXIV Encuentro Nacional y XV Iberoamericano de Investigación en Odontología | Noviembre 2016

  • Participante en la Olimpiada Internacional de Biología en Aarhus, Dinamarca | Verano 2015

  • Medalla de Oro en la XXIV Olimpiada Nacional de Biología en Monterrey, Nuevo León | Enero 2015

  • Medalla de Oro en la XXIV Olimpiada Michoacana de Biología en Morelia, Michoacán | Verano 2014

  • Medalla de Plata en la XXIII Olimpiada Michoacana de Biología en Morelia, Michoacán | Verano 2013

Resume in english

About me

Professional with experience in programming (R, Python, Bash, snakemake and nextflow), data analysis, team management, scientific communication and data analysis. I belonged to the Talentum university program and Shaping Horizons, organized by CIDE and Cambridge University, respectively. I graduated from the master’s program in plant biotechnology at the National Laboratory of Genomics for Biodiversity at Cinvestav where I worked in the regulatory RNA laboratory analyzing chromatin marks in long non-coding RNAs. I am interested in the development of bioinformatics tools for data analysis with commercial and industrial applications, where I consider that automation tools can increase the speed, accuracy and productivity of products and processes, especially focused on plants of agri-food interest. I am currently working as Junior Bioinformatician at Endogenomiks-KoppertMX.

Education

Master of Science | August 2020 - August 2022
  Cinvestav Unidad Irapuato | Irapuato, Gto.
   Regulatory RNA laboratory

Biotechnology Engineering | August 2015 - July 2019
  Instituto Politécnico Nacional | Silao, Gto.
   Unidad Profesional Interdisciplinaria de Ingeniería Campus Guanajuato
   Professional License: 12064286

Experience

  • Junior Bioinformatician | Endogenomiks-KoppertMX | September 2022 - Current

  • Principal Collaborator | Biolaunch | January 2020 - Julio 2021

  • Coordinator of the entrepreneurship contest | Biolaunch | January 2019 - December 2019

  • Collaborator in the Entrepreneurship Workshop | Congress of the Mexican Society of Biotechnology and Bioengineering | July 2019

  • Undergraduate thesis student | Laboratory of Plant Genetic Transformation CINVESTAV-Irapuato | December 2017 - June 2019

  • Collaborator | Science Club México | August 2018

  • Logistics team | Allbiotech | March 2018 - December 2018


Publications

  • Herrera-Isidron, L., Valencia-Lozano, E., Rosiles-Loeza, P. Y., Robles-Hernández, M. G., Napsuciale-Heredia, A., & Cabrera-Ponce, J. L. (2021). Gene Expression Analysis of Microtubers of Potato Solanum tuberosum L. Induced in Cytokinin Containing Medium and Osmotic Stress. Plants, 10(5), 876. https://doi.org/10.3390/plants10050876.

  • Ozment, E., Tamvacakis, A. N., Zhou, J., Rosiles-Loeza, P. Y., Escobar-Hernandez, E. E., Fernandez-Valverde, S. L., & Nakanishi, N. (2021). Cnidarian hair cell development illuminates an ancient role for the class IV POU transcription factor in defining mechanoreceptor identity. Elife, 10, e74336. DOI: 10.7554/eLife.74336

  • VanBuren, R., Rougon-Cardoso, A., Amézquita, E., Coss-Navarrete E., Espinosa-Jaime, A.,Gonzalez-Iturbe, O., Luckie-Duque A., Mendoza-Galindo, E., Pardo , J., Rodríguez-Guerrero G., Rosiles-Loeza, P. Y., Vásquez-Cruz M., Fernandez-Valverde, S., Hernandez-Hernandez, T., Palande, S., & Chitwood D. (2022). Teaching Tools in Plant Biology. Plants and Python, Coding from Scratch in the Plant Sciences. The Plant Cell. Accepted, pending publication.


Foreign languages

  • English | TOEFL iBT 104 | ETS ID: 43DF1302

  • German | Nivel B1


Courses and diplomas

  • Science diplomacy | The bridge biofoundry & Alliance for science | September 2021

  • Analysis of single cell transcriptomic data (scRNA-seq) with R and bioconductor | NNB-CCG & CDSB | August 2021

  • Recommendations for a safe return to work before COVID-19 | IMSS | August 2021

  • Plagiarism and citation | Cinvestav | May 2021

  • COVID-19 and parameter estimation in ordinary differential equations | UNAM | July 2020

  • Introduction to bioinformatics with a focus on bioeconomics | ISCB Student Council | October 2019

  • Shaping Horizons: Summit and action programme | Cambridge University | May - October 2019

  • Talentum University | CIDE | June - December 2019

  • Introduction to Feminist Theories | UAbierta de la Universidad de Chile | March - April 2019

  • Summer School in Bioinformatics | UNAM Juriquilla | Summer 2017

  • Summer of scientific research | Academia Mexicana de Ciencias & UNAM | Summer 2016


Participation in congresses and acknowledgements

  • Collaborator in Plants & Python Course | Foundation in Computational Plant Science course at Michigan State University | Consult the page here | 2021

  • Contributor to talent republic | See profile here

  • Virtual Mexico Debate Tournament | Tournament organized by the National Electoral Institute and the Mexican Debate Association | 2020

  • Analysis of cytokinin signaling in response to environmental stimuli for potato tuberization (Solanum tuberosum L.) in in vitro culture | Poster in PIFI Forum | August 2019

  • Improvements in an electro-pneumatic temporary immersion bioreactor for in vitro plant tissue culture | Poster at XVI Meeting: Participation of women in science | May 2019

  • Why are there no women scientists? | Presentation in the framework of the International Day of Women and Girls in Science: Allbiotech | February 2019

  • Renou: Renewing life | Project presented at Entrepreneurs in Biobusiness 2017 organized by AGROBIOTEG | June 2017.

  • Growth of calcium phosphate crystals in polylactic acid (PLA) and calcium chloride fibers | Poster at XXIV National and XV Iberoamerican Meeting of Research in Dentistry | November 2016

  • Participant in the International Biology Olympiad in Aarhus, Denmark | Summer 2015.

  • Gold medal at the XXIV National Biology Olympiad in Monterrey, Nuevo Leon, Mexico, Winter 2015.

  • Gold medal at the XXIV Regional Biology Olympiad in Morelia, Michoacán | Summer 2014.

  • Silver medal at the XXIII Regional Biology Olympics in Morelia, Michoacán, Mexico, Summer 2013.